首先就是稻谷，稻谷在碾磨大米抄的过程中，胚芽部分比较脆弱容易打掉，导致现在的大米胚芽留存率低；现目前在日本韩国，有很多家用小型碾米机，通过当季新米，小百分量碾磨从而保证胚芽留存，在国内目前也有做智能碾米机的，时间上，胚问芽米在生产出来后，会随着时间慢慢氧化，导致营养流失，口感变差，从而还不如市场的答精白米口感好，即使真空包装在自然避光阴凉条件下保质期23天。
胚芽米主要的问题是口感的问题，现在人追求的口感，只有老人和小孩对健康的需求；其次是成本的问题，比精米的加工成本高三倍；再次就是原料的问题，只有当年的新米才能保证胚芽率。
